Frequently Asked Question

Este script permite la ejecución de trabajos de Gaussian desde el home del usuario, donde se vuelcan tanto el log como los ficheros de resultado, mientras se usa el directorio /scratch para el scratching.

Permite hacer un uso ordenado del directorio y limpiarlo una vez finalice el trabajo.

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1                #Numero de nodos a usar
#SBATCH --ntasks-per-node=20     #Numero de cores por nodo
#SBATCH --partition=lusitania    #Cola de ejecucion
#SBATCH --job-name=JOB-NAME      #Nombre del trabajo

#Nombre del fichero de entrada sin la extension .com
input=Reactivos1-2b

echo "Name of the input file:"
echo ${input}.com

#Carga de modulos necesarios
module load intel16

echo "Create scratch space for the job:"
export GAUSS_SCRDIR="/scratch/${USER}/${SLURM_JOB_ID}"

mkdir -p ${GAUSS_SCRDIR}
echo ${GAUSS_SCRDIR}

echo "Run the job:"
echo "time g16 ${input}.com"

#Lanzamos el comando de Gaussian
time g16 ${input}.com ${input}.log

if [ -f "${GAUSS_SCRDIR}/${input}.wfn" ]; then
  echo "Copy WFN file back"
  cp ${GAUSS_SCRDIR}/${input}.wfn ${SLURM_SUBMIT_DIR}
fi

echo "Remove the scratch directory after the job is done"
rm -rf /scratch/${USER}/${SLURM_JOB_ID}

exit 0